东疆保税港区的行政管理和开发建设分别由东疆保税港区管委会和天津港集团有限公司负责。主要职能如下：
    东疆保税港区管委会：
    (一)组织编制保税港区及其毗邻区规划，经滨海新区管委会审核,经市人民政府批准后组织实施；
    (二)在行政管理体制和运行机制创新上先行先试，并制定相应的行政管理规定；
    (三)根据市人民政府授权或者接受有关部门委托，集中统一行使行政许可权、行政处罚权等行政管理职权；
    (四)统一管理保税港区及其毗邻区土地、规划、建设、工商、财政、劳动和社会保障、环保、卫生、安全生产等各项公共管理工作；
    (五)协调配合海关、检验检疫、边检、海事、税务、外汇等有关管理部门和其他驻区单位的工作并协调相关事务；
    (六)组织编制产业发展目录，统筹产业布局，对投资项目和开发建设活动实施管理；
    (七)推进区内公共信息平台建设，及时发布公共信息，实现信息资源的整合与共享；
    (八)协调市人民政府相关部门，做好其他行政管理工作。
   

    天津港集团有限公司:
    是东疆保税港区的开发主体，目前拥有总资产逾300亿元，员工2万人，下属二级企业和单位共计63家。在2006年全国500强企业评选中，位居第409位，港口行业第2位，主要负责：
    (一) 保税港区及其毗邻区的开发建设，享有区域开发建设权及对所投资项目的使用权、经营权和收益权。对保税港区及其毗邻区的开发建设应当符合保税港区区域规划，并接受保税港区管委会的监督和指导。
    (二) 负责保税港区及其毗邻区的基础设施开发建设，并对土地实施储备整理。保税港区及其毗邻区的土地收益，应当用于保税港区及其毗邻区基础设施建设及维护。
    (三) 在保税港区管委会的监督和指导下，负责保税港区及其毗邻区建设项目管理工作。
    (四) 按照保税港区产业发展目录和规划要求组织实施招商引资工作。
     市人民政府相关措施支持天津港 （集团）有限公司投资建设保税港区及其毗邻区